Guardando da Malnate verso est si scorgono due colline quasi gemelle: monte Casnione e, poco più a sud, monte Morone. Quest’ultimo, di qualche metro più alto (sfiora i 500m), riveste una particolare importanza per la storia millenaria e le leggende che lo legano da sempre al sottostante paese. Sulla sua cima, una chiesetta perde le sue origini all'alba del Medioevo.
La prima testimonianza scritta dell'esistenza di una Chiesa sulla cima di Monte Morone risale al XIII secolo, ma l'origine dell'insediamento può essere datata con qualche secolo di anticipo, basandosi sugli studi archeologici che hanno portato alla luce sepolture riconducibili al periodo longobardo. È difficile attribuire con certezza l'origine del piccolo nucleo ai Romani, entrati in un periodo di decadenza, piuttosto che ai Longobardi, agli albori della loro espansione, ma con buona probabilità si può sostenere l'esistenza di un sito fortificato di epoca longobarda (VI-VII secolo), probabilmente, almeno all'inizio della sua storia, con funzione militare, come fanno pensare la cisterna situata all'esterno e la torre di avvistamento, un elemento tipico dell'epoca tardo antica in tutto il Nord Italia e diffuso nelle nostre zone (San Maffeo a Rodero, la Torre di Velate, la torre della Vittoria al Sacro Monte). Non è da eslcudere la presenza anche di una primitiva costruzione ecclesiastica realizzata, come vedremo, forse durante la conversione dei Longobardi al cristianesimo (VII secolo). Le sepolture rinvenute non riportano tuttavia elementi riconducibili alla presenza militare, facendo propendere anche per l'ipotesi della presenza di una piccola necropoli. Un'origine dunque ancora avvolta da molte ombre.
Le prime evidenze certe della presenza di una chiesa, deducibili dalla muratura e dalla decorazione esterna dell'abside, riportano ad una costruzione dei primi secoli del Basso Medioevo (XI secolo), al pari dell'altra costruzione storica malnatese, la Chiesa di San Matteo. La prima testimonianza scritta dell’esistenza del santuario risale al 1218 e sono ancora questioni legate al pagamento dei tributi a venirci in aiuto, come già successo per il Mulino del Trotto. In quegli anni il Capitolo di San Vittore di Varese stava completando il controllo del territorio, tramite la riscossione delle decime (una tassa pagata a chi forniva il servizio ecclesiastico), fonte sia di una entrata economica sia sopratutto del riconoscimento implicito della supremazia della chiesa su un territorio, in particolare nelle aree di confine come era Monte Morone. Seguendo la causa scritta tra il Capitolo e gli allora abitanti, i fratelli Maggiale e Giovanni da Gazzada, si risale ai precedenti abitanti e concessionari, rispettivamente don Pietro da Capolago e Guglielo da Rodero, che pagavano decime per vino e cereali alla Chiesa di San Vittore, e si ottengono anche informazioni "amministrative": la giurisdizione territoriale sul monte era di Malnate e gli abitanti di Cagno erano identificati come stranieri, senza quindi diritti di taglio della legna. La stessa cosa succedeva, all'inverso, poco oltre con i malnatesi. Il XIII secolo si chiude con altre vicende legate al pagamento delle decime, che ci portano a conoscere i proprietari di quell'epoca, la famiglia Canova di Cagno.
Curiosità riguardo il culto della Madonna di Monte Morone, è quella legata alla conoscenza odierna del Santuario come della "Madonna della Cintola", dedicata cioè alla cintura che, durante la gravidanza di Maria, ne sosteneva il ventre. Tuttavia, mai durante le visite pastorali dal Cinquecento fino all'Ottocento, viene riportata questa figura o questo culto, ma semplicemente la devozione a Santa Maria e la presenza di una statua raffigurante la "Vergine Maria col Bambino". Anche la celebrazione della Madonna di Monte Morone, che cade il 25 marzo, è quindi quella legata all'Annunciazione e non quella della Madonna della Cintola che cade il 31 agosto. Il culto della "Madonna della Cintola" è di origine antica e orientale, diffuso a Costantinopoli, e ha coinvolto il Santuario di Monte Morone per l'analogia riportata da Bognetti con lo stesso culto attestato presso "Santa Maria foris portas" di Castelsepio e al Sacro Monte di Varese. Questa particolare venerazione della cintura della Madonna è legata al rito della pesatura dei bambini, ma anche all'aspetto "militare" in quanto a Costantinopoli le mura erano state consacrate alla cintura della Madonna per la difesa dagli invasori. Una delle ipotesi della diffusione di questo culto orientale nelle nostre aree, è l'arrivo di monaci greci scappati a Roma in seguito all'avanzata dell'Islam e inviati dal Papa a convertire i Longobardi, che si ricollegherebbe anche con l'ipotizzata presenza longobarda sul colle già discussa. Una seconda ipotesi che potremmo definire "local", vuole l'introduzione dell'immagine della cintura della Vergine come emblema della confraternita agostiniana della Madonna della Consolazione, devozione che si sviluppa presso l'Abbazia di Fruttuaria (TO) da cui dipendevano la Badia di Ganna e Voltorre. Rovera era un feudo della Badia, mentre Monte Morone probabilmente aveva rapporti stretti con Voltorre e da qui deriva anche la presenza di monaci che officavano messa. L'arrivo di monaci agostiniani in una chiesa inizialmente dedicata alla Madonna Consolatrice, può essere una spiegazione della diffusione del culto della Cintola.
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