Come abbiamo già potuto sapere, negli anni Venti del 1900 la struttura del "vecchio" ponte in ferro inizia a mostrare i suoi limiti di fronte allo sviluppo del trasporto ferroviario. Dopo quarant'anni di onorato servizio il "ponte di ferro" va in pensione. Valutato infatti negativamente un possibile rinforzo del ponte esistente, si decide per affiancarlo e sostiruirlo con un nuovo ponte in calcestruzzo.
Ferrovie Nord, nel settembre del 1926, dà mandato alla Società Anonima Ingegner Barosi di progettare il nuovo viadotto ferroviario. Il progetto prevede una struttura simile all'attuale, per un costo di realizzazione di poco più di 3 milioni di lire (circa 2,4 milioni di euro attuali). Alla gara d'appalto partecipano cinque ditte: la stessa ditta progettista, Ing. Barosi, Guffanti, Siderocemento, Anonima Costruzioni e Aldo Tagliazucchi, la stessa impresa che smantellerà poi il vecchio ponte. È proprio qeust'ultima ad aggiudicarsi l'opera, con una offerta di 2,55 milioni di lire (circa 2 milioni di euro attuali).
Il nuovo ponte viene realizzato in soli otto mesi tra il 1927 e il 1928, utilizzando 17000 metri cubi di calcestruzzo e 4000 metri cubi di legname per le armature. È caratterizzato da cinque grandi arcate di 30 metri di diametro ciascuna e da sette aperture circolari, che paiono vezzi estetici del progettista, ma sono invece realizzate per motivi di assestamento.
Altri due elementi caratterizzano il ponte malnatese, nascosti all'occhio dei più, uno per motivi strategici e l'altro dimenticato testimone del periodo politico di quel tempo.
Pochi anni prima, nel 1922, Mussolini diventa Presidente del Consiglio dando inizio al cosidetto "Ventennio" che segnerà la vita politica e sociale italiana fino al 1943. Il maestoso ponte di Malnate rientra nelle "Grandi Opere del Regime" e sul pilone centrale si erge il dipinto dei "fasci littori" dipinti nel 1928 dal decoratore Broggi di Cantello. Visibili nella foto dell'epoca qui accanto, sono ormai andati persi nel tempo anche se si intravedono ancora oggi.
Il viadotto è anche strategico collegamento ferroviario tra il nord e il sud della provincia varesina e, in periodo di guerra, non può cadere certo in mano nemica. L'esplosione di una carica di esplosivo all'interno dei piloni, causerebbe il collasso dell'intera struttura e l'interruzione del collegamento ferroviario con Varese. È il comando del 3º Reggimento Genio di Pavia ad occuparsi della progettazione delle camere di mina, dando mandato di realizzare 10 fornelli (cavità in cui inserire le cariche) lungo tutto il viadotto e due camere di mina all'interno del primo e secondo pilastro verso Varese, che dovevano avere anche scalette per raggiungere le camere e dei terrazzini per rendere più agevole l'accesso. Inoltre, viene realizzata una camera dove depositare il materiale esplosivo, ancora visibile nella parte iniziale del viadotto lato Malnate, così come le scalette e la piccola camera rettangolare sul lato est del pilone centrale.